1561. aastal läks Eesti Rootsi kuninga Erik XIV (1533–1577) võimu alla. Klooster lõpetas tegevuse 1629. aastal, kuid 1631. aastal käskis kuningas Gustav II Adolf (1594–1632) muuta endine klooster kuninglikuks gümnaasiumiks, sest Tallinnas (Rootsi ajal kandis linn nime Reval) oli puudus poeglaste haridusasutustest. Kõik kloostriruumid ning kogu kloostri vara anti vastasutatud Eesti esimesele poeglastegümnaasiumile (tänane Gustav Adolfi Gümnaasium) ja 1633. aastal asutatud Tallinna esimesele gümnaasiumitrükikojale. Kloostrikirik läks aga üle siinsele rootsi garnisonile. Sellest ajast on teavet uue altari, kantsli, ristimiskambri, ristimisvaagna ja mitmesuguse muu kirikuinventari tellimise kohta tuntud Tallinna renessansi- ja barokimeistritelt Arent Passerilt, Christian Ackermannilt, Elert Thielelt jt, millest enamik viidi koos rootsi kogudusega 1716. aastal üle Uude seeki rajatud kirikusse (praegune Rootsi-Mihkli kirik Tallinnas).