Põhjasõja tagajärjel kapituleerus Tallinn 29. septembril 1710. aastal, peaingel Miikaeli päeval. Kui võim läks üle Vene impeeriumile, andis tollane Eestimaa ja Liivimaa kindralkuberner suurvürst Aleksandr Danilovitš Menšikov 1716. aasta jaanuaris korralduse anda senine rootslaste luterlikule kogudusele kuulunud Püha Miikaeli kirik koos kõige sellele kuulunud kinnisvaraga üle õigeusu kogudusele. Niiviisi sai rootsi garnisoni kirikust Tallinna komandeeritud vene garnisoni kirik, mis kandis nüüd Feodor Stratilati (Theodore Stratelates) nime. Rootsi garnisoni kogudusel tuli kolida Rüütli tänaval asuvasse Püha Mihkli kirikusse, mis enne vahetust kuulus vene garnisonile ja oli selle koguduse jaoks liiga väike. Gümnaasiumi hoonet ei õnnestunud siiski linnalt ära võtta – seal paiknes aastatel 1710–1717 kubermangu vangla. 1717. aastal käskis Peeter I (1672–1725) vabastada kooliruumid vangidest õpilaste kasuks. 1716. aastal pühitseti endine kloostrikirik õigeusu kirikuks ja see täitis vene õigeusu peakiriku ülesandeid kuni 1900. aastani, mil Toompeal valmis Aleksander Nevski katedraal.