Kui 1901. aastal valmis Toompeal Püha Aleksander Nevski katedraal, läks senine võrdlemisi jõukas venelaste kogudus sinna üle, võttes Issanda Muutmise kirikust kaasa ka suurema osa vallasvarast. Asemele kolis aga kõrvalasuvast väikesest Püha Vladimiri kirikust seal XIX sajandil kujunenud tunduvalt vaesem eesti õigeusu kogudus. Seda koguduste vahetust markeerib ka kirikuaia väraval olev aastaarv 1901 ja tähekombinatsioon „IM” ehk Issanda Muutmine. Teatavasti vajas Issanda Muutmise kirik uut remonti juba 1910. aastal. Maalrid olevat keeldunud katust uuesti värvimast, sest katuseplekk olnud täiesti läbi roostetanud. Kuid õige pea puhkes Esimene maailmasõda, mille ajal remondile enam ei mõeldud. Senini on selguseta, millal hoone lõpuks katuse sai.